Bilim Adamı Gizemli Bir Şekilde Silinmiş Erken Virüs Dizilerini Buldu
(mtag101701) (mtag101702) (mtag101703) (mtag101703) (mtag101702) Yaklaşık bir yıl önce, Wuhan’daki erken Covid-19 vakalarından alınan 200 …
(mtag101701)
(mtag101702)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101702) Yaklaşık bir yıl önce, Wuhan’daki erken Covid-19 vakalarından alınan 200’den fazla virüs örneğinden alınan genetik diziler, çevrimiçi bir bilimsel veri tabanından kayboldu.
(mtag101704)
(mtag101702)
Şimdi, Seattle’daki bir araştırmacı, Google Cloud’da depolanan dosyalar arasında kök salarak, bu orijinal dizilerden 13’ünü kurtardığını bildirdi – virüsün bir yarasadan veya başka bir hayvandan insanlara ne zaman ve nasıl bulaştığını anlamak için ilginç yeni bilgiler.
(mtag101704)
(mtag101702)
Salı günü yayınlanan yeni analiz, Aralık 2019’da hayvan ve deniz ürünleri pazarlarıyla bağlantılı ilk salgınlardan önce Wuhan’da çeşitli koronavirüslerin dolaşımda olabileceğine dair daha önceki önerileri destekliyor.
(mtag101704)
(mtag101702)
Biden yönetimi, SARS-CoV-2 olarak bilinen virüsün tartışmalı kökenlerini araştırırken, çalışma, patojenin ünlü bir Wuhan laboratuvarından sızdığı hipotezini ne güçlendiriyor ne de azaltıyor. Ancak orijinal dizilerin neden silindiğine dair soruları gündeme getiriyor ve internetin uzak köşelerinden kurtarılacak daha fazla ifşa olabileceğini düşündürüyor.
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101702) “Bu kesinlikle harika bir dedektiflik işi ve SARS-CoV-2’nin kökenini anlama çabalarını önemli ölçüde ilerletiyor,” dedi Arizona Üniversitesi’nden evrimsel biyolog Michael Worobey. ders çalışma.
(mtag101704)
(mtag101702)
Yeni raporu yazan Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezi’nden bir virolog olan Jesse Bloom, bu dizilerin silinmesini şüpheli olarak nitelendirdi. Henüz hakemli bir incelemeden geçmemiş veya bilimsel bir dergide yayınlanmamış olan makalede, “dizilerin varlıklarını gizlemek için silinmiş olması muhtemel görünüyor” diye yazdı.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Bloom ve Dr. Worobey, pandeminin nasıl başladığına dair daha fazla araştırma yapılması çağrısında bulunan açık sözlü bir bilim adamları grubuna aittir. Mayıs ayında yayınlanan bir mektupta, bir laboratuvar sızıntısının koronavirüsü yayma olasılığının daha yüksek olup olmadığını veya virüsün enfekte bir hayvanla laboratuvar dışında temastan insanlara sıçramasını belirlemek için yeterli bilgi bulunmadığından şikayet ettiler.
(mtag101704)
(mtag101702)
Viral örneklerin genetik dizileri, SARS-CoV-2’nin başka bir hayvandan, büyük olasılıkla bir yarasadan türümüze nasıl geçtiğine dair önemli ipuçları barındırıyor. Hepsinden en değerlisi, bilim insanlarını orijinal yayılma olayına yaklaştırdıkları için pandeminin başlarından gelen dizilerdir.
(mtag101704)
(mtag101702)
Bloom, çeşitli araştırma grupları tarafından hangi genetik verilerin yayınlandığını incelerken, Wuhan Üniversitesi’ndeki bilim adamları tarafından toplanan 241 genetik diziyle ilgili bilgileri içeren bir elektronik tablo içeren Mart 2020 tarihli bir çalışmaya rastladı. Elektronik tablo, bilim adamlarının dizileri ABD hükümetinin Ulusal Tıp Kütüphanesi tarafından yönetilen Dizi Okuma Arşivi adlı çevrimiçi bir veritabanına yüklediğini belirtti.
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101702) Ancak Dr. Bloom bu ayın başlarında veritabanında Wuhan dizilerini aradığında, tek sonucu “bir öğe bulunamadı. ”
(mtag101704)
(mtag101702)
Şaşkın, daha fazla ipucu için elektronik tabloya geri döndü. 241 dizinin Wuhan’daki Renmin Hastanesinde Aisi Fu adlı bir bilim adamı tarafından toplandığını belirtti. Tıp literatürünü araştıran Dr. Bloom, sonunda Mart 2020’de Dr. Fu ve meslektaşları tarafından çevrimiçi olarak yayınlanan ve SARS-CoV-2 için yeni bir deneysel testi açıklayan başka bir çalışma buldu. Çinli bilim adamları, üç ay sonra bilimsel bir dergide yayınladılar.
(mtag101704)
(mtag101702)
Bu çalışmada bilim insanları, “salgının erken dönemlerinde Kovid-19 şüphesiyle ayakta tedavi gören hastalardan alınan burun sürüntüsünden 45 örneğe baktıklarını yazdılar. Daha sonra sürüntülerde SARS-CoV-2’nin genetik materyalinin bir kısmını aradılar. Araştırmacılar, örneklerden çıkardıkları genlerin gerçek dizilerini yayınlamadılar. Bunun yerine, virüslerde yalnızca bazı mutasyonlar yayınladılar.
(mtag101704)
(mtag101702)
Ancak bir dizi ipucu, Dr. Bloom’a örneklerin 241 kayıp dizinin kaynağı olduğunu gösterdi. Belgeler, dizilerin neden Dizi Okuma Arşivi’ne yüklendiğine dair hiçbir açıklama içermiyordu, ancak daha sonra ortadan kayboldu.
(mtag101704)
(mtag101702)
Arşivi inceleyen Dr. Bloom, dizilerin çoğunun Google Cloud’da dosya olarak saklandığını anladı. Her sekans buluttaki bir dosyada bulunuyordu ve dosyaların adlarının hepsinin aynı temel formatı paylaştığını bildirdi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Bloom, Wuhan’dan gelen kayıp bir dizinin kodunu değiştirdi. Aniden, sırayı aldı. Sonuçta, bu şekilde buluttan 13 diziyi kurtarmayı başardı.
(mtag101704)
(mtag101702)
Bu yeni verilerle Dr. Bloom, pandeminin ilk aşamalarına bir kez daha baktı. SARS-CoV-2’nin soy ağacını oluşturma konusunda ilerleme kaydetmeyi umarak 13 diziyi diğer yayınlanmış erken koronavirüs dizileriyle birleştirdi.
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
SARS-CoV-2’nin bir yarasa virüsünden evrimleştiği tüm adımların üzerinde çalışmak zor oldu çünkü bilim insanlarının hala inceleyecek sınırlı sayıda örneği var. En erken örneklerden bazıları, Aralık 2019’da bir salgının meydana geldiği Wuhan’daki Huanan Deniz Ürünleri Toptan Satış Pazarı’ndan geliyor.
(mtag101704)
(mtag101702)
Ancak bu pazar virüslerinin aslında haftalar sonra toplanan SARS-CoV-2 örneklerinde eksik olan üç ekstra mutasyonu var. Başka bir deyişle, sonraki virüsler yarasalarda bulunan koronavirüslere daha çok benziyor ve bu da virüsün deniz ürünleri pazarından geçmeyen bazı erken nesiller olduğu fikrini destekliyor.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Bloom, buluttan kurtardığı silinmiş dizilerin de bu ekstra mutasyonlardan yoksun olduğunu buldu. Dr. Bloom, “Bunlar, Huanan balık pazarındaki virüslerden, yarasa koronavirüslerine üç adım daha benzerler,” dedi.
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101706)
(mtag101705)Ocak 2020’de Wuhan Huanan Toptan Deniz Ürünleri Pazarı.
(mtag101708)Kredi. . .
(mtag101708)Dake Kang/Associated Press
(mtag101708)
(mtag101708)
(mtag101709)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101702) Bu, SARS-CoV-2’nin pazara ulaştığı zaman, Wuhan’da veya ötesinde bir süredir dolaşımda olduğunu gösteriyor. Pazar virüslerinin, 2019’un sonlarında zaten gevşek olan koronavirüslerin tam çeşitliliğini temsil etmediğini savundu.
(mtag101704)
(mtag101702)
“Belki de Vuhan’da bulunan ve sıralananlardan elde ettiğimiz resim biraz önyargılı olabilir” dedi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Bloom raporunda, bu sonucun virüs dizilerinin daha derin bir analiziyle doğrulanması gerektiğini kabul etti. Dr. Worobey, kendisinin ve meslektaşlarının, kökenini daha iyi anlamak için SARS-CoV-2 genleri üzerinde geniş çaplı bir çalışma üzerinde çalıştıklarını ve şimdi Dr. Bloom’un 13 kurtarılmış dizisini ekleyeceklerini söyledi.
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101702) “Bu ek veriler bu çabada büyük rol oynayacak,” dedi Dr. Worobey.
(mtag101704)
(mtag101702)
Bu değerli bilgilerin neden ilk başta kaybolduğu açık değil. Bilim adamları, Dizi Okuma Arşivi yöneticilerine bir e-posta göndererek dosyaların silinmesini talep edebilir. Arşivi yöneten Ulusal Tıp Kütüphanesi, geçen yaz 13 dizinin kaldırıldığını söyledi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Ulusal Sağlık Enstitüleri sözcüsü Renata Myles, “Bu SARS-CoV-2 dizileri Mart 2020’de SRA’da yayınlanmak üzere sunuldu ve ardından gönderen araştırmacı tarafından Haziran 2020’de geri çekilmesi istendi” dedi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Adını vermediği müfettişin arşiv yöneticilerine dizilerin güncellendiğini ve farklı bir veri tabanına ekleneceğini söylediğini söyledi. Ama Dr. Bloom bildiği tüm veritabanlarını araştırdı ve henüz bulamadı. “Açıkçası dizilerin başka bir veritabanında veya web sayfasında bir yerde olduğunu göz ardı edemem, ancak baktığım bariz yerlerden hiçbirini bulamadım” dedi.
(mtag101704)
(mtag101702)
13 diziyi oluşturan 2020 test çalışmasının ortak yazarlarından üçü, Dr. Bloom’un bulgusunu soran e-postalara hemen yanıt vermedi. Bu çalışma, diğer çalışmanın elektronik tablosunda adı da geçen başka bir ortak yazar olan Dr. Fu’nun iletişim bilgilerini vermedi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Bazı bilim adamları, dizilerin kaldırılmasının arkasında uğursuz bir şey olduğuna şüpheyle bakıyorlar. Utah Üniversitesi’nden bir virolog olan Stephen Goldstein, “Bunun bir örtbas etmeye nasıl işaret ettiğini gerçekten anlamıyorum” dedi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Goldstein, test kağıdının Wuhan araştırmacılarının testlerinde bulduğu bireysel mutasyonları listelediğini kaydetti. Tüm sekanslar artık arşivde olmasa da, önemli bilgiler bir yıldan fazla bir süredir halka açık, dedi. Araştırmacıların bulması zor bir formatta saklanmıştı.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Goldstein, “Hepimiz bu nispeten belirsiz makaleyi kaçırdık” dedi.
(mtag101704)
(mtag101702)
Dr. Bloom bir röportajda, “Neden kaldırıldıklarını gerçekten söyleyemezsiniz,” dedi. “Onları kaldırmanın pratik sonucunun, insanların var olduklarını fark etmemeleri olduğunu söyleyebilirsiniz. Ayrıca Çin hükümetinin virüsün bazı erken örneklerinin imha edilmesini emrettiğini ve onayı olmadan koronavirüsle ilgili makalelerin yayınlanmasını yasakladığını kaydetti.
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101703)
(mtag101703)
(mtag101702) Kendi adına, Dr. Worobey hala cevaplar istiyor. “Umarım bu önemli dizileri oluşturan, ancak daha sonra silen yazarlardan haber alırız, böylece bunu yapma motivasyonları hakkında daha fazla şey anlayabiliriz” dedi. “Görünüşte kesinlikle garip ve gerçekten bir açıklama gerektiriyor. ”
(mtag101704)
(mtag101702)
Bu 13 diziye ne olduğuna bakılmaksızın, Dr. Bloom şimdi çevrimiçi olarak başka hangi ipuçlarının keşfedilebileceğini merak ediyor. Covid-19’un kökenini yeniden inşa etmek için, tüm bu ipuçları potansiyel olarak önemlidir.
(mtag101704)
(mtag101702)
“İdeal olarak, mümkün olduğu kadar çok sayıda erken sekans bulmaya çalışmalıyız,” dedi. “Ve bence bu çalışma her yere bakmamız gerektiğini gösteriyor. ”
(mtag101704)
(mtag101705)
(mtag101705)
(mtag101704)
(mtag101702)
Bir The New York Times haberinden çevrildi ve haberleştirildi.
(mtag101704)
