Ocak 2020’de, Çin’de ilk Covid-19 vakalarının ortaya çıkmasından sadece haftalar sonra, yeni koronavirüsün tam genomu çevrimiçi olarak yayınlandı. Bu genomik diziyi kullanan bilim adamları, virüs için çok çeşitli teşhis testleri tasarlamak için çabaladılar.
Ancak virüs o zamandan beri mutasyona uğradı. Koronavirüs geliştikçe, test ortamı da gelişti. Yeni varyantların ortaya çıkması, spesifik viral mutasyonlar için testler geliştirmeye yönelik bir ilgiyi tetikledi ve mevcut bazı testlerin doğruluğu konusunda endişelere yol açtı.
Koronavirüs testlerini takip eden küresel bir kar amacı gütmeyen sağlık kuruluşu olan PATH’ın bilimsel program sorumlusu Lorraine Lillis, “Bu Covid teşhisi ile bir zaman sıkışıklığındaydık, oraya bir şeyler çıkarmamız gerekiyordu” dedi. “Normalde teşhis uzun, uzun zaman alır ve normalde bunları birden çok varyantla zorlarız. “Ve bunu yapıyoruz ama bunu gerçek zamanlı olarak yapıyoruz. ”
Gıda ve İlaç İdaresi, koronavirüsteki yeni mutasyonların bazı testleri daha az etkili hale getirebileceği konusunda uyardı. Ve geçen hafta PATH, belirli değişkenlerin mevcut tanılama testlerinin performansını nasıl etkileyebileceğini izlemek için iki çevrimiçi gösterge tablosu başlattı.
Şimdiye kadar bilim adamları, endişe verici bilinen varyantların testlerin tamamen başarısız olmasına neden olduğuna dair hiçbir kanıt bulunmadığını kabul ettiler. Arizona Eyalet Üniversitesi’nde biyomedikal teşhis uzmanı olan Mara Aspinall, “Bugünkü testler çok, çok iyi çalışıyor,” dedi.
Ancak bilim adamları, üreticilerin ve düzenleyicilerin sürekli değişen bir virüse ayak uydurabilmeleri için tetikte olmaları gerekeceğini söylüyor. Varyantlar tespit edilmekten kaçmaya başlarsa, bu sadece ihtiyaç duydukları tedaviyi alamayan bireysel hastalar için değil, aynı zamanda halk sağlığı için de önemli olabilir.
Bir test, bir varyantla enfekte olan birini gözden kaçırırsa, o kişi izole etmesi gerektiğini fark etmeyebilir. Stanford Üniversitesi’nde bir doktor ve bulaşıcı hastalıklar uzmanı ve bir teşhis şirketi olan Visby Medical’in baş tıbbi görevlisi olan Gary Schoolnik, “Ve bu kişinin daha sonra karantina altına alınmasına, topluluk içinde dolaşmasına ve muhtemelen bu varyantı başkalarına yaymasına izin verilir” dedi bu bir Covid-19 testi yapar. “Ve bu, eğer eksik varyantlar varsa, bir teşhis testi bu varyantın yayılmasını gerçekten teşvik edebilir. ”
Yanlış negatif riski
Geçen ay San Francisco’daki bir test tesisinde hızlı antijen testleri için sürüntü örnekleri işlendi. Kredi. . . The New York Times için Mike Kai Chen
Yaygın olarak kullanılan polimeraz zincir reaksiyonu veya P.C.R testi gibi moleküler testler, koronavirüs genomunun belirli dizilerini tespit etmek için tasarlanmıştır. Bu “hedef” dizilerde mutasyonlar ortaya çıkarsa, testler artık virüsü tespit edemeyebilir ve yanlış negatifler ortaya çıkarabilir.
Yale Üniversitesi’nden virolog Nathan Grubaugh, “Testinizi hedeflemeyi seçtiğiniz bir yerde şanssız kaldığınız bir durumla karşılaşabilirsiniz ve orada testinizi daha az etkili hale getiren bir şey ortaya çıkabilir,” dedi.
S geni olarak bilinen virüsün karakteristik başak proteininin geni mutasyona özellikle yatkındır ve bu geni hedefleyen testler bazı varyantları gözden kaçırabilir. Örneğin, Thermo Fisher’ın TaqPath testi, ilk olarak İngiltere’de tanımlanan ve şu anda Amerika Birleşik Devletleri’nde hızla yayılan B. 1. 1. 7 varyantının mutasyona uğramış S genini saptayamıyor.
Ancak test yalnızca S genine bağlı değildir; Üç hedefi vardır ve koronavirüs genomunun diğer iki uzantısını tespit ederek yine de doğru sonuçlar verebilir.
Johns Hopkins Sağlık Güvenliği Merkezi’nde doktora sonrası çalışan Rachel West tarafından yapılan hesaplamalara göre, moleküler testlerin sadece yüzde 1,3’ü yalnızca bir S geni hedefine dayanıyor. Geri kalanlar, genomun mutasyona uğrama olasılığı daha düşük olan daha kararlı bölgelerini hedefler ya da birden çok hedef diziye sahiptir, bu da onları başarısızlığa karşı daha az duyarlı hale getirir. Dr. Lillis, “Hepsinde mutasyon yaşamanız pek olası değil,” dedi.
F. D. A., varyantlardan “performansı etkilenebilecek” dört farklı moleküler testi listeledi, ancak testlerin yine de çalışması gerektiğini not etti. Testlerden üçünün birden fazla hedefi vardır; dördüncüsü, virüs belirli bir mutasyona sahip olduğunda ve çok düşük seviyelerde mevcut olduğunda biraz daha az hassas olabilir. (Dört test, TaqPath Covid-19 Combo Kit, Linea Covid-19 Test Kiti, Xpert Xpress ve Xpert Omni SARS-CoV-2 ve Accula SARS-CoV-2 Testidir.)
F. D. A. ’nın in vitro teşhis ve radyolojik sağlık ofisini yöneten Dr. Tim Stenzel,” Bu dört testin önemli ölçüde etkilendiğini düşünmüyoruz “dedi. “Bu bilgileri halka açık hale getirmemiz daha çok dikkat ve şeffaflıktan kaynaklanıyordu. ”
Antijen testleri moleküler testlerden daha az duyarlıdır, ancak tipik olarak daha ucuz ve daha hızlıdır ve koronavirüs tarama programlarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu testler, virüsün dışındaki belirli proteinleri tespit eder. Bazı genetik mutasyonlar, bu proteinlerin yapısını değiştirerek tespit edilmekten kaçmalarına izin verebilir.
Çoğu antijen testi nükleokapsid proteinini hedef alır. N geni olarak bilinen bu proteini kodlayan gen, S geninden daha kararlıdır ve mutasyona uğrama olasılığı daha düşüktür ve F.D.A., herhangi bir antijen testini endişe verici olarak listelememiştir. Dr. Stenzel, “Kırmızı bayrak yükselten birini bulamadık ve buna dair herhangi bir rapor almadık,” dedi.
Yine de uzmanlar, her test üreticisinin testlerinin hedeflediği belirli dizileri açıklamadığını ve virüsün mutasyona uğramaya devam edeceğini belirtiyor. PATH teşhis direktörü Neha Agarwal, “Belirli bir moleküler testin veya hatta bir antijen testinin tespit açısından tekneyi tamamen kaçırdığını gösteren herhangi bir kanıt yok” dedi. Ama işler değişecek. ”
F. D.A. durumu izlemeye devam ediyor ve virüsün teşhis testlerinden kaçmasına yardımcı olabilecek şekillerde gelişip gelişmediğini görmek için haftalık olarak koronavirüs sekans veritabanlarını kontrol ediyor. Dr. Stenzel, “Çok dikkatli davranıyoruz,” dedi. “Ve biz de tetikte olacağız. ”
Belirli varyantlar için tarama
Varyantlar yayıldıkça, araştırmacılar bunları tespit etmek için testler geliştirmek ve iyileştirmek için de çalışıyorlar. Şu anda, bir varyantın belirlenmesi genellikle iki aşamalı bir süreçtir. İlk olarak, virüsün mevcut olup olmadığını belirlemek için P.C.R testi gibi standart bir koronavirüs testi kullanılır. Test pozitif çıkarsa, genomik sıralama için bir örnek gönderilir.
Calif, La Jolla’daki Salk Enstitüsü’nden bir gelişim biyoloğu olan Juan Carlos Izpisua Belmonte, “Bu iki görev şu anda iki ayrı iş akışında gerçekleştiriliyor,” Bu daha fazla zaman, emek ve kaynak anlamına geliyor. ”
Birçok araştırmacı şu anda entegre çözümler oluşturmak için çalışıyor – hem birisine virüs bulaşıp bulaşmadığını hem de belirli bir varyantı olup olmadığını belirleyebilen testler.
Örneğin, Suudi Arabistan’daki Kral Abdullah Bilim ve Teknoloji Üniversitesi’nde kök hücre biyoloğu olan Dr. koronavirüs genomunun farklı bölgeleri.
Ve Dr. Grubaugh ve meslektaşları, endişe verici üç varyantı karakterize eden belirli mutasyon kombinasyonlarını tespit edebilen bir P.C.R testi geliştirdiler: B. 1. 1. 7; B. 1. 351, ilk olarak Güney Afrika’da tespit edildi; ve P. 1, ilk olarak Brezilya’da bulundu. (Çalışma henüz bilimsel bir dergide yayınlanmamıştır.)
Dr. Grubaugh, Brezilya, Güney Afrika ve diğer yerlerdeki araştırmacıların, tam genomik dizileme için önceliklendirilmesi gerekenleri belirleyerek bir dağ koronavirüs örneğini incelemek için zaten bu testleri kullandıklarını söyledi. Grubaugh, “Grubumuzun birincil ilgi alanı, özellikle kaynak sınırlı alanlarda dizileme yoluyla genomik sürveyansı geliştirmek,” dedi. “Dolaşan varyantlar olup olmadığını öğrenmek istiyorsanız, triyaj yapmanın bir yoluna ihtiyacınız var. ”
Bazı şirketler de, yalnızca araştırma amaçlı olsa da, belirli varyantları ayırt edebileceğini söyledikleri koronavirüs testlerini yayınlamaya başlıyor. Dr. Grubaugh, belirli bir varyantla birini kesin olarak teşhis edebilecek bir test oluşturmanın “sonsuz derecede daha zor” olduğunu söyledi.
Benzer mutasyonlar, farklı varyantlarda ortaya çıkıyor ve bu da aralarında ayrım yapmayı zorlaştırıyor. Söz konusu mutasyonlar, virüsün yaptığı gibi değişecektir ve sıralama, virüsün tam bir resmini elde etmenin en iyi yolu olmaya devam etmektedir.
Ancak belirli mutasyonları tarayabilen testler önemli bir halk sağlığı aracı olabilir, dedi Bayan Agarwal: “Varyantlara bakan bu yeni teşhisler, virüsün epidemiyolojisini anlamada ve gelecek nesli planlamada gerçekten anahtar olacak. buna karşı çabalar. “
Bir The New York Times haberinden çevrildi ve haberleştirildi.