Omicron Bir Sonraki Pandemi İçin Bir Provadır

Amerika’nın varyanta yanıtı, hem son iki yılda ne kadar ilerleme kaydettiğimizi hem de ne kadar iş kaldığını gösteriyor

Bilim adamları geçen ay koronavirüsün yüksek oranda mutasyona uğramış Omicron varyantını keşfettiklerinde, ürkütücü derecede tanıdık bir olaylar zincirini başlattı.

Sağlık uzmanları, cevaplardan daha fazla soruyu gündeme getiren kasvetli basın toplantıları düzenledi. Yetkililer, büyük olasılıkla çok geç gelen seyahat yasakları koydu. Değişken ülkeden ülkeye bildirildiğinden, virüs izleyiciler haritalarını doldurdu. Ve geri kalanımız, artan bir huzursuzlukla, karşı karşıya olduğumuz tehdit hakkında daha fazla şey öğrenmek için bekledik.

Aynı dizilim, yaklaşık iki yıl önce yeni koronavirüs SARS-CoV-2 ilk keşfedildiğinde ortaya çıktı. 2020’nin ilk haftalarında Amerika Birleşik Devletleri, en temel görevlerden başlayarak, önümüzdeki zorluklara ne yazık ki hazırlıksız olduğunu kanıtladı: virüsü tespit etmek.

San Francisco California Üniversitesi’nde bulaşıcı hastalık uzmanı ve mikrobiyolog olan Dr. Charles Chiu, “Virüsün varlığını tespit edemeden önce bir ila iki aylık bir gecikme yaşadık” dedi. “Ve o zamana kadar, birden fazla eyalet arasında ve kıyıdan kıyıya geniş çapta dolaşmıştı. ”

Bu başarısızlıklar iyi bir şekilde kronikleştirildi ve Omicron, şu anda yaklaşık 800.000 Amerikalı’nın hayatını talep eden mevcut pandeminin bitmediğinin bir başka işareti.

Ancak Omicron aynı zamanda bir sonraki pandeminin kostümlü provası. Şu anda önümüzde duran iş – tam olarak anlayamadığımız bir sağlık tehdidinin yayılmasını tespit etmek, izlemek ve yavaşlatmak – gelecekteki bir salgını durdurmak için yapılması gereken işlerle aynı.

Analoji mükemmel değil. Omicron geldiğinde, bilim adamları virüs için aşılar ve tedaviler geliştirmişlerdi ve yeni varyantlar için yüksek alarmdaydılar. Bir sonraki salgın daha az uyarı ile gelebilir.

Rockefeller Vakfı Pandemi Önleme Enstitüsü CEO’su Rick Bright, “Yükselen ve yeniden ortaya çıkan ve harekete geçme anını bekleyen SARS-CoV-2’den daha kötü patojenler olduğunu biliyoruz” dedi.

Omicron’un ortaya çıkışı, hem elde ettiğimiz kazanımları hem de hala yetersiz kaldığımız yolları değerlendirmek için bir fırsattır. Aynı zamanda bir eylem çağrısıdır: Yaptığımız ilerleme ne olursa olsun yeterli değil.

Ara ve bulacaksın

Başka bir bağlamda, dikkat çekici olmazdı: 28 Kasım Pazar günü, hafif derecede hasta hisseden bir San Francisco sakini Covid testi yaptı. Ertesi gün pozitif çıktı.

Ancak alarm zillerini harekete geçiren şey, sakinin yeni keşfedilen Omicron varyantının yaygın olduğu Güney Afrika’dan kısa süre önce dönmüş olmasıydı.

Yolcunun test örneği, yolcuya bulaşan virüsün kesin genetik kodunu ve Omicron’un belirleyici mutasyonlarına sahip olup olmadığını ortaya çıkaracak olan öncelikli genomik dizileme için işaretlendi.

Sıralamayı yapmak için San Francisco mikrobiyoloğu Dr. Chiu görevlendirildi. 6 s. m. 30 Kasım Salı günü, Dr. Chiu numuneyi ilk kez öğrendikten sadece birkaç saat sonra, numune kuru buz içinde paketlenmiş olarak laboratuvarına elden teslim edildi.

Dr. Chiu ve meslektaşları hızla işe koyuldular. Tam diziyi oluşturmak saatler sürse de bilim adamları, süreç devam ederken sonuçları gerçek zamanlı olarak analiz etmelerini sağlayan nanogözenek dizilimi olarak bilinen bir tekniği kullanmayı seçtiler.

Dr. Chiu, “Veriler biriktikçe, giderek daha fazla mutasyon tanımlayabildik” dedi.

Şafaktan önce emindi: Amerika Birleşik Devletleri’nde bulunan ilk vaka olan Omicron’du. Güney Afrika’nın varyantın varlığını ilk kez kamuya açıklamasından bu yana bir haftadan az bir süre geçti.

Göremediklerimizle savaşamayız ve bir sonraki pandemiyi önlemek, bizi tehdit eden patojenleri tespit etmek ve takip etmekle başlar. Omaha’daki Nebraska Üniversitesi Tıp Merkezi’nde genomik bir epidemiyolog olan Joseph Fauver, bu bağlamda, en azından “geçen yılın bu zamanına göre olağanüstü derecede iyi durumdayız” dedi.

Test etme, test etme, test etme

Hastalık gözetim zincirindeki ilk halka testtir. Kimler enfekte ve neredeler? Doğru ve zamanında testler yapılmadan bir patojenin yayılmasını engellemek imkansız hale gelebilir.

Ne yazık ki, Amerika testi başından beri beceriksizce yaptı. Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri hatalı test kitleri dağıtırken, arz kıtlığı ve yasal gecikmeler arz ve talep arasında destansı bir uyumsuzluk yarattı. 2020 yazında ve sonbaharında, test alanlarındaki bekleme süreleri saatlerce uzayabilir; sonuçları beklemek bir hafta veya daha fazla sürebilir. Koordineli bir ulusal test planı yoktu.

Bu yanlış adımlar, virüsün görünmeden ve kontrolsüz bir şekilde yayılmasına izin vererek hastanelerin üzerindeki yükü artırdı ve diğer hafifletme önlemlerini daha da zorlaştırdı. Erişilebilir testler olmadan, diğer ülkelerin bulaşma zincirini kırmasına yardımcı olan stratejinin – virüslü kişileri hızla belirleme, onları izole etme ve temaslılarını izleme – çok az şansı vardı.

Zaman geçtikçe, test sıkıntısı hafifledi. Halk Sağlığı Laboratuvarları Birliği’nde bulaşıcı hastalıklar direktörü Kelly Wroblewski, laboratuvarların tedarik zincirlerini çeşitlendirdiğini, yeni ekipman satın aldığını ve daha fazla personel istihdam ettiğini söyledi.

Gittikçe daha fazla test, yerinde sonuç veren hızlı, evde yapılan testler de dahil olmak üzere ABD Gıda ve İlaç İdaresi’nden acil durum izni aldı.

“Arizona Eyalet Üniversitesi’nde biyomedikal teşhis uzmanı olan Mara Aspinall, “Hastanelerden merkezi laboratuvarlara ve oturma odanıza taşındık” dedi. (Kovid testleri yapan OraSure’un yönetim kurulunda Aspinall Hanım yer almaktadır.)

Başlangıçta kimlerin virüs için test edilebileceği konusunda katı şartlar koyan C.D.C., bulaşmayı engellemek için bir araç olarak rutin taramayı önermeye başladı. Omicron manşetlerdeyken, 5 yaşındaki bir çocuğun okuldan önce kendi burnunu temizlemesi veya Güney Afrika’dan yeni dönen hasta bir San Francisco sakini için PCR sonuçlarını 24 saat içinde geri alması artık dikkate değer değildi. .

Bayan Wroblewski, “Pandeminin başlangıcında bulunduğumuz yer arasında gece ve gündüz karşılaştırması gibi” dedi.

Ancak Johns Hopkins Coronavirüs Kaynak Merkezi’ne göre, Amerika Birleşik Devletleri hala kişi başına daha az günlük test yapıyor ve diğer birçok yüksek gelirli ülkeden daha yüksek bir pozitif geri gelen test payına sahip.

Başkanlık geçişi sırasında Başkan Biden’ın Covid-19 Danışma Kurulu üyesi olan Pennsylvania Üniversitesi’nde biyoetikçi olan Dr. Ezekiel J. Emanuel, “Testleri kullanılabilir hale getirme konusunda harika bir iş yapmadık” dedi.

P. C. R. işlem süreleri hala büyük ölçüde değişiklik gösterirken, hızlı testleri mağazalarda bulmak zor olabilir ve birçok Amerikalı için bütçenin ötesinde kalır, çünkü özellikle sık kullanılmak üzere tasarlanırlar. (Biden yönetiminin sağlık sigortacılarının üyelere evde yapılan testler için geri ödeme yapmasına yönelik yeni planı yardımcı olabilir, ancak bazı sınırlamaları vardır.)

Bu sorunların çoğu, ülkenin pandemi döneminde erken testlere yatırım yapmamasına bağlanabilir. Trump yönetimi, aşı gelişimini hızlandırmak için Warp Speed ​​Operasyonunu yarattı. Uzmanlar, ülkenin teşhis testleri için benzer bir çabaya ihtiyacı olduğunu söyledi.

Teşhis testleri aşılar kadar cesaret verici olmayabilir, ancak gelecekteki herhangi bir pandemide, bunun baştan bir öncelik olması gerektiğini söylediler.

“Önyükleme” gözetimi

Gözetim zincirindeki bir sonraki hayati bağlantı, rutin, yaygın genomik dizilemedir. Bu tür bir gözetim, uzmanların bir patojenin nasıl mutasyona uğradığını ve yeni varyantların nasıl yayıldığını takip etmesine yardımcı olur.

Amerika Birleşik Devletleri’nde bu çaba çok yavaş bir başlangıç ​​yaptı. C.D.C.’nin gelişmiş moleküler tespit ofisinin bilim başkanı Duncan MacCannell, “Açıkçası birçok halk sağlığı laboratuvarı, ilk test hacmi ve rekabet eden yükümlülükler karşısında bunalmıştı” dedi.

Bazı araştırma laboratuvarları kendi bağımsız sıralama programlarını oluşturmuş olsa da, çok az finansman veya koordinasyon vardı.

Dr. MacCannell, 2020 baharında C.D.C.’nin daha odaklı bir ulusal çabayı “önyüklemeye başlamak” için akademik, ticari ve halk sağlığı laboratuvarlarından oluşan bir konsorsiyum oluşturduğunu söyledi. Ancak, kaynak eksikliği ve hasta örneklerini test alanlarından sıralama laboratuvarlarına almak için organize bir boru hattına sahip olmayan parçalanmış bir sağlık sistemi nedeniyle ilerleme yavaşladı.

Cambridge, Mass’taki Broad Enstitüsü’nde patojen genomik sürveyansını yöneten Bronwyn MacInnis, “2020’de birçok dizileme makinesi boştaydı” dedi.

Ancak 2020’nin sonlarında ve 2021’in başlarında, son derece bulaşıcı Alfa varyantının ortaya çıkması ve bir federal fon akışı nihayet genomik gözetimi daha yüksek bir vitese geçirdi. C. D. C.’ye göre, Ocak ayından bu yana ülke, haftada 3.000’den az örnek sıralamaktan ortalama 50.000 ila 60.000’e çıktı.

Ve 25 Kasım’da Omicron haberleri çıktığında, bazı laboratuvarlar, varyantı aramak için hafta sonları ve gece vardiyalarını ekleyerek çabalarını iki katına çıkardı. Dr. Chiu’nun laboratuvarı bunu ilk tespit eden kişi olmasına rağmen, diğer eyaletlerdeki araştırmacılar – Minnesota, Colorado, New York ve Hawaii – kısa süre sonra aynı şeyi yaptı.

“Omicron, bu varyantları ortaya çıktıkça tanımlayabilmek için kapasitemizi önemli ölçüde genişlettiğimizi gerçekten gösterdi,” dedi Dr. Chiu.

Bazı araştırma ekipleri, kanalizasyondaki varyantı aramaya başladı. Virüs dışkıyla döküldüğünden, atık su analizi, virüsün veya belirli bir varyantın bir toplulukta bulunup bulunmadığına ve ne kadar yaygın olduğuna dair bir anlık görüntü sağlayabilir.

Atık su epidemiyolojisi yeni olmasa da, pandemi onu niş bir arayıştan ana akım bir stratejiye dönüştürdü. Virüsü izleme ihtiyacı, diğer federal kurumlarla ortaklaşa C.D.C.’yi, sonunda antibiyotiğe dirençli bakterileri, gıda kaynaklı patojenleri ve diğer mikropları izlemek için kullanılabilecek Ulusal Atık Su Gözetleme Sistemini oluşturmaya sevk etti.

Omicron, yaklaşımın bir testiydi. Aralık ayının başlarında, araştırmacılar, şehrin ilk vakalarını bildirmesinden günler önce, Houston’daki sekiz atık su arıtma tesisinde varyantı buldular.

Pandemi Önleme Enstitüsü patojen sürveyansı genel müdürü Samuel Scarpino, “Bu, SARS-CoV-2’nin önüne geçmemize gerçekten izin veren türden bir şey” dedi.

İyileştirme için yer

Yine de, Omicron beklenmedik durumlara hazırlığımızın bir testiyse, bazı uzmanlar geçtiğimize ikna olmuş değil. Birleşik Devletler, varyantı tespit etmede diğer birçok ülkenin günlerce gerisindeydi.

Kaliforniya, San Diego’daki Scripps Araştırma Çeviri Enstitüsü’nün kurucusu ve yöneticisi Dr. Eric Topol, “Bu iyiye işaret değil” dedi.

Uluslararası bir viral genom veri tabanı olan GISAID’e göre, son gelişmelere rağmen, ülke pandeminin başlangıcından bu yana diğer birçok ülkeye göre daha küçük bir vaka payı sıraladı.

Uzmanlar, sistemde hala gecikmeler olduğunu ve işlem sürelerinin muhtemelen normalden daha uzun olduğu Şükran Günü’nde Omicron haberlerinin çıktığını söyledi. (C.D.C. verileri, tatil haftasında ve tatilden sonraki hafta boyunca kamuya açık veri tabanlarına eklenen virüs dizilerinin sayısında bir düşüş olduğunu gösteriyor.)

Uzmanlar, bazı eyaletlerin Covid vakalarının yüzde 20’sinden fazlasını ve diğerlerinin yüzde 3’ten daha azını sıralamasıyla ulusal çabanın da eşitsiz olduğunu ve eyaletlerde bile belirli bölgelerin veya toplulukların eksik olabileceğini söyledi.

Dr. Emanuel, “Bu, viral enfeksiyonların genetik gözetimi için etkili bir altyapı değil” dedi. “Ülke çapında olmalı ve tek tip olmalı. ”

Ve bilim adamları, ülkenin özellikle yeni varyantları barındırması muhtemel insanları belirlemede daha iyi bir iş çıkarması gerektiğini söyledi. Yetkililer, yurtdışından gelen yolcuları kısıtlamak yerine, onları virüs için test etmek ve pozitif örnekleri sıralamak için daha uyumlu bir çaba gösterebilir.

Uzmanlar, çığır açan enfeksiyonları olan ve bağışıklık sistemi zayıf olan – virüsle savaşmada daha fazla sorun yaşayabilecek, mutasyona uğrama şansı daha fazla olan kişilerin de dizileme için öncelikler olması gerektiğini söyledi.

“Yalnızca sıralama yapmak zorunda değiliz, aynı zamanda doğru topluluklarda ve doğru insanlarda sıralama yaptığımızdan emin olmalıyız,” dedi Florida Atlantik Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde kıdemli dekan yardımcısı Janet Robishaw. Boca Raton.

Ve İngiltere gibi merkezileştirilmiş veya ulusallaştırılmış sağlık sistemlerine sahip ülkeler viral dizileri hastalarla ilgili klinik verilere nispeten kolayca bağlayabilirken, Amerika Birleşik Devletleri’nde bu çok daha zordur. Numune, I.C.U.’da olan birinden mi yoksa burnunu çekerek evde olan birinden mi geldi? Aşıları yapıldı mı ve yapıldıysa hangi aşı ile ve ne zaman yapıldı?

Seattle’daki Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezi’nde viral evrim ve gözetim uzmanı olan Trevor Bedford, “Omicron veya Delta ya da her neyse ne kadar hızlı yayıldığına bakmak açısından dizilerle çok şey yapabiliriz” dedi. “Fakat bu, Delta daha ciddi mi gibi gerçekten önemli bilimsel soruları ele almayı zorlaştırıyor?”

Bir sonraki salgın

Ülkenin kaydettiği ilerlemenin bir kısmı bizi bir sonraki pandemi için daha iyi konumlandırabilir. Örneğin, halk sağlığı laboratuvarları, artık grip, gıda kaynaklı hastalıklar ve bir sonraki büyük küresel sağlık tehdidi ne olursa olsun izlemek için kullanabilecekleri yeni ekipman ve uzmanlığa sahiptir.

Ancak bu kazanımları sağlamlaştırmak, acil kriz geçtikten sonra devam eden bir taahhüt ve finansman gerektirecektir. Dr. Bright, “Tarihsel model, dalgalanıyoruz ve sonra unutup ihmal ediyoruz” dedi.

New York Times’ın bir incelemesine göre, pek çok bitkin sağlık görevlisi işini çoktan bıraktı ve yasa koyucular eyalet ve yerel yetkililerin halk sağlığı yetkilerini sınırlayan 100’den fazla yasa çıkardı.

Pandeminin altını çizdiği sorunlardan bazıları derinlere kök salmış durumda. Örneğin, Britanya’nınki gibi sıklıkla örnek olarak gösterilen yüksek düzeyde koordineli bir genomik gözetim programı, Birleşik Devletler’de her zaman ağır bir yük olacaktı.

Louisiana Eyalet Üniversitesi Sağlık Bilimleri Merkezi Shreveport’ta bir virolog olan Jeremy Kamil, “Balkanlaşmış sağlık sistemimiz var ve sistem dev bir karmaşa” dedi.

Ve pandemi hazırlığı bir boşlukta gerçekleşmez. Aşıların daha adil bir şekilde dağıtılması, bir sonraki endişe çeşidini bastırmaya yardımcı olabileceği gibi, bir sonraki büyük küresel salgının önlenmesi, her ülkenin ortaya çıkan patojenleri tespit etmek ve bunlara yanıt vermek için kaynaklara sahip olmasını sağlamayı gerektirecektir.

Amerika Birleşik Devletleri büyük ve parçalanmış bir ülkedir – siyasi olarak kutuplaşmış ve göze batan eşitsizlikler, yaygın yanlış bilgi ve dezenformasyon ve kamu görevlilerine karşı önemli bir güvensizlik ile yüklenmiştir. Bunlar çok büyük, çetrefilli sorunlardır ve ele alınması, laboratuvarların Omicron’u veya herhangi bir yeni patojeni tespit etme kapasitesine sahip olmasını sağlamaktan çok daha zordur.

Dr. Fauver, “Çeşitliliği tespit etme yeteneğimize güveniyorum,” dedi. “Güvenmediğim şey, bu konuda bir şey yapma yeteneğimiz. Her gün, her sıralama yaptığımızda Delta varyantını tespit ediyoruz. ”

Omicron haberi yayınlanmadan önce bile, Delta kaynaklı başka bir dalgalanma çoktan başlamıştı. Bilim adamları her gün daha fazla Omicron vakası buluyor ve varyant yakında Delta’yı geçebilir. Sırada ne var – hatta neyi amaçlamalıyız – daha az net. Kışı her enfeksiyonu durdurmaya çalışarak mı geçirmeliyiz? En yüksek riskli insanları ağır hastalık ve ölümden korumak mı? Hastanelerin taşmamasını sağlamak mı?

Johns Hopkins Bloomberg Halk Sağlığı Okulu’ndan epidemiyolog Emily Gurley, “Salgın boyunca sürekli olarak eksik olduğumuz bir şey bir hedeftir” dedi. “Hala elimizde değil. Elbette, Omicron için buna sahip değiliz. ”