Ufuk Varyantları: Gama, Iota ve Mu’dan Dersler

2021’in başlarında Kolombiya’daki bilim adamları endişe verici yeni bir koronavirüs çeşidi keşfettiler. Sonunda Mu olarak bilinen bu varyant, uzmanların bağışıklık sisteminin savunmasından kaçmasına yardımcı olabileceğine inandığı birkaç rahatsız edici mutasyona sahipti.

Takip eden aylarda Mu, Kolombiya’da hızla yayıldı ve yeni bir Covid-19 vakası artışını körükledi. Ağustos ayının sonunda düzinelerce ülkede tespit edilmişti ve Dünya Sağlık Örgütü bunu bir “ilgi çeşidi” olarak belirlemişti.

Nebraska Üniversitesi Tıp Merkezi’nde genomik epidemiyolog ve varyant üzerine yakın tarihli bir çalışmanın yazarı olan Joseph Fauver, “Mu, küresel olarak biraz gürültü yapmaya başlamıştı” dedi.

Ve sonra fışkırdı. Bugün, varyant tamamen ortadan kalktı.

Her Delta veya Omicron için bir Gama, Iota veya Mu, yerel dalgalanmaları tetikleyen ancak asla küresel hakimiyete geçmeyen varyantlar vardır. Uzmanlar, Omicron’u anlamak kritik bir halk sağlığı önceliği olmaya devam ederken, bu daha küçük soylardan öğrenilecek dersler olduğunu söylüyor.

California San Diego Üniversitesi’nden moleküler epidemiyolog Joel Wertheim, “Bu virüsün adapte olmayı ve gelişmeyi durdurmaya teşviki yok” dedi. Ve bunu geçmişte nasıl yaptığını görmek, gelecekte neler yapabileceğine hazırlanmamıza yardımcı olacak.”

Ayrıca-ranlar üzerine yapılan araştırmalar, gözetleme boşluklarına ve politika hatalarına ışık tuttu – Amerika’nın uluslararası seyahat yasaklarının etkili olmadığına dair daha fazla kanıt sağladı – ve virüsü neyin başarılı kıldığı konusunda, hastalığın erken evresinde olduğunu öne sürüyor. Salgın, bulaşıcılık bağışıklık kaçırmadan daha önemliydi.

Araştırma, bağlamın ne kadar önemli olduğunu da vurgulamaktadır; bazı yerlerde etki yaratan varyantlar, diğerlerinde hiçbir zaman yer edinemez. Sonuç olarak, hangi varyantların baskın hale geleceğini tahmin etmek zordur ve gelecekteki varyantlar ve patojenler hakkında bilgi sahibi olmak kapsamlı, neredeyse gerçek zamanlı gözetim gerektirecektir.

“Viral genomik diziye bakarak ve ‘Bu muhtemelen diğerinden daha kötü’ diyerek çok şey kazanabiliriz” dedi Dr. Wertheim. “Fakat gerçekten bilmenin tek yolu yayılmasını izlemek, çünkü hiçbir zaman tutunamayan bir sürü potansiyel olarak tehlikeli varyant var.”

Mu’ya bakıyoruz

Koronavirüs sürekli değişiyor ve çoğu yeni varyant asla fark edilmiyor veya adlandırılmıyor. Ancak diğerleri, ya hızla daha yaygın hale geldikleri için ya da genomları uğursuz göründüğü için alarm veriyor.

Kolombiya’da yayılan Mu için her ikisi de doğruydu. Sidney Üniversitesi’nde genomik epidemiyolog ve yeni Mu gazetesinin yazarı Mary Petrone, “İnsanların çok yakından izlediği birkaç mutasyon içeriyordu” dedi. Spike proteinindeki mutasyonların birçoğu, Beta ve Gama dahil olmak üzere diğer bağışıklıktan kaçan varyantlarda belgelenmiştir.

Henüz bilimsel bir dergide yayımlanmayan yeni çalışmada bilim insanları Mu’nun biyolojik özelliklerini Alfa, Beta, Delta, Gama ve orijinal virüsün özellikleriyle karşılaştırdı. Dr. Fauver, Mu’nun diğer varyantlardan daha hızlı çoğalmadığını, ancak grubun en bağışıklıktan kaçan varyantı olduğunu ve antikorlara Omicron dışında bilinen herhangi bir varyanttan daha dirençli olduğunu söyledi.

Genomik dizileri analiz ederek Araştırmacılar, dünyanın her yerinden toplanan Mu örneklerinden varyantın yayılmasını yeniden yapılandırdı. Mu’nun muhtemelen 2020’nin ortalarında Güney Amerika’da ortaya çıktığı sonucuna vardılar. Daha sonra tespit edilmeden önce aylarca dolaştı.

Seattle’daki Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezi’nde viral evrim uzmanı olan Jesse Bloom, Güney Amerika’nın birçok yerindeki genomik sürveyansın “düzensiz ve eksik” olduğunu söyledi. “Bu bölgelerde daha iyi gözetleme olsaydı, Mu hakkında ne kadar endişeli olunacağına dair daha hızlı bir değerlendirme yapmak muhtemelen daha kolay olurdu.”

Mu, başka bir meydan okuma da sundu. Koronavirüs örneklerinde nadir görülen, çerçeve kayması mutasyonu olarak bilinen bir tür mutasyona sahipti. Bu tür mutasyonlar, Dr. Fauver dahil bilim adamları, Mu dizilerini yeni varyantları takip etmek için kullanılan uluslararası bir viral genom deposu olan GISAID’e yüklemeye çalıştıklarında hata olarak işaretlendi.

Bu karmaşıklık Mu dizilerinin herkese açık paylaşımında gecikmelere neden oldu. Araştırmacılar, bir hastadan bir virüs örneğinin toplanması ile GISAID’de kamuya açık hale getirilmesi arasında geçen sürenin Mu vakaları için Delta vakalarından daha uzun olduğunu buldu.

“Genomun kendisi temelde yapay gözetim boşlukları yaratıyordu” dedi Dr. Fauver. “En azından bizim deneyimimize göre, normalde günler içinde çıkarmaya çalıştığımız veriyi haftalarca alamamamızla sonuçlandı.”

(Araştırmacılar, GISAID’in kalite kontrol sistemlerinin önemli olduğunu vurguladılar ve veri havuzu sorunu çözdü.)

Bu gözetim boşluklarını Mu’nun bağışıklıktan kaçınma yeteneğiyle birleştirin ve varyant yükselmeye hazır görünüyordu. . Ancak öyle olmadı. Bilim adamları, Mu’nun bunun yerine Güney ve Orta Amerika’dan diğer kıtalara yayıldığını, ancak oraya vardığında geniş çapta yayılmadığını buldular. Dr. Petrone, “Bu, bu varyantın belki de Kuzey Amerika ve Avrupa popülasyonlarına beklediğimiz kadar uygun olmadığının bir göstergesiydi” dedi.

Bunun nedeni, Mu’nun kendisini daha da zorlu bir değişkenle rekabet halinde bulmasıydı: Delta. Delta, antikorlardan kaçma konusunda Mu kadar yetenekli değildi, ancak daha bulaşıcıydı. Dr. Bloom, “Sonunda Delta daha geniş bir alana yayıldı” dedi.

Sağ varyant, doğru zaman

Başarılı varyantları incelemek hikayenin sadece yarısını anlatıyor. Dr. Petrone, “Baskın olmayan değişkenler bir bakıma negatif kontrollerdir” dedi. “Bize neyin işe yaramadığını söylüyorlar ve bunu yaparken, değişken uygunluk etrafındaki bilgi boşluklarını doldurmaya yardımcı oluyorlar.”

Delta, Mu’nun yanı sıra Beta, Gamma ve Lambda dahil olmak üzere bağışıklıktan kaçan çeşitli varyantları geride bıraktı. Bu model, bir varyantın virüsün yüksek oranda bulaşıcı bir versiyonunu geride bırakmasına izin vermek için tek başına bağışıklık kaçırmanın yeterli olmadığını veya en azından az sayıda insanın bağışıklığa sahip olduğu pandeminin erken evresinde olmadığını gösteriyor.

Ancak aşılar ve çok sayıda enfeksiyon dalgası bağışıklık durumunu değiştirdi. Bilim adamları, Omicron’un bu kadar başarılı olmasının nedeninin muhtemelen bir parçası olan, yüksek düzeyde bağışıklıktan kaçınan bir varyantın artık daha fazla avantaja sahip olması gerektiğini söyledi.

Yakın zamanda yapılan bir başka çalışma, New York City’de bağışıklıktan kaçan Gamma’nın, bazı durumlarda ilk Covid dalgasında sert bir şekilde vuruldukları için, önceden var olan bağışıklığın daha yüksek olduğu mahallelerde daha iyi performans gösterme eğiliminde olduğunu ileri sürdü. Çalışmanın yazarı olan Dr. Wertheim, “Yeni bir varyantı bir boşlukta göremeyiz, çünkü ondan önce gelen tüm varyantların gölgesinde ortaya çıkıyor” dedi.

Gerçekten de, geçmiş varyantların çatışması, başarının büyük ölçüde bağlama bağlı olduğunu ortaya koymaktadır. Örneğin, Kasım 2020’de toplanan virüs örneklerinde ilk kez tespit edilen Iota varyantının doğum yeri New York olabilir. Dr. Petrone, “Ve böylece erken bir dayanak buldu” dedi. Daha bulaşıcı Alfa varyantı geldikten sonra bile, Iota sonunda kaybolmadan önce aylarca şehrin baskın varyantı olarak kaldı.

Ancak Ocak 2021’de hem Iota hem de Alpha’nın ortaya çıktığı Connecticut’ta işler farklı gelişti. İki bölgedeki varyantlar üzerinde bir araştırma yürüten Dr. Petrone, “Alfa bir anda havalandı ve Iota’nın hiç şansı kalmadı” dedi.

Benzer bir model, Omicron’un çoklu soylarında şimdiden kendini göstermeye başlıyor. Amerika Birleşik Devletleri’nde, ilk kez New York’ta tanımlanan bir alt değişken olan BA.2.12.1 yükselişe geçerken, Güney Afrika’da BA.4 ve BA.5 yeni bir yükselişe öncülük ediyor.

British Columbia Üniversitesi’nde evrimsel bir biyolog olan Sarah Otto, bu, azalan varyantları incelemek için başka bir nedendir, dedi. Belirli bir zaman ve yer için kötü bir şekilde eşleştirilen bir varyant, başka bir yerde ortaya çıkabilir. Gerçekten de Mu’nun talihsizliği, bunun çok erken ortaya çıkması olabilirdi. Dr. dedi Otto.

Ancak bir sonraki endişe türü, hiçbir zaman tam olarak tutunamayan bir bağışıklıktan kaçınma soyunun soyundan veya buna benzer bir şey olabilir, dedi.

Önceki değişkenlere bakmak, onları içermede neyin işe yarayıp neyin yaramadığına dair fikir verebilir. Yeni Gama çalışması, en azından Amerika Birleşik Devletleri’nin uyguladığı gibi, uluslararası seyahat yasaklarının, bir varyantın küresel yayılmasını önleme olasılığı düşüktür.

Gama ilk olarak 2020’nin sonlarında Brezilya’da tanımlandı. O yılın Mayıs ayında ABD, ABD vatandaşı olmayanların çoğunun Brezilya’dan ülkeye seyahat etmesini yasakladı, bu kısıtlama Kasım 2021’e kadar yürürlükte kaldı. Gama, Ocak 2021’de Amerika Birleşik Devletleri’nde tespit edildi ve kısa sürede onlarca eyalete yayıldı.

California San Diego Üniversitesi’nde moleküler epidemiyolog ve çalışmanın yazarı olan Tetyana Vasylyeva, Gama’nın dünya çapında hiçbir zaman baskın hale gelmediği için yayılmasını araştırmak, seyahat yasaklarının etkinliğinin “daha temiz” bir resmini sağladı, dedi. . “Diyelim ki, Delta gibi değişkenleri incelemek söz konusu olduğunda – her yerde büyük bir salgına neden olan bir şey – bazen kalıp bulmak gerçekten zor, çünkü çok büyük ölçekte ve çok hızlı oluyor” dedi. .

Dr. Fauver, hızla değişen bir virüsle devam eden küresel bir sağlık acil durumunda, geleceğe odaklanmak için anlaşılabilir bir dürtü olduğunu söyledi. Ve dünyanın dikkati Delta’ya ve ardından Omicron’a çevrildiğinde, o ve meslektaşları eski haber Mu’yu araştırmaya devam edip etmemeyi tartıştılar.

“’Artık Mu’yu umursayan var mı?’ gibiydik” diye hatırlıyor Dr. Fauver. “Ancak, endişenin önceki varyantları hakkında sorular soran ve neler olduğuna geriye dönüp bakmaya çalışan yüksek kaliteli çalışmalara hala yer olduğunu düşünüyoruz.”